O cirurgião foi ameaçado de morte e foi alvo de propinas, mas sobreviveu e de modo honesto. Ligado a duas casas maçônicas, a saber: Clube dos amigos unidos e Cavalheiros da luz. Perseguido por liberais e monarquistas, acusado de heresia pelo Santo Ofício enquanto passava um tempo em Portugal, depois de ser inconfidente e de liderar revoltas de trabalhadores negros escravizados. Um iluminista entusiasta das novas idéias liberais, tão diferentes das noções dos novos positivistas, auto denominados libertários entre nós, esta modinha. Ele valorizava a ciência, a história para o gazeteiro não era determinismo histórico. Estava longe, e muito, de contentar-se com o senso comum e o bom senso. Sua gazeta era a Sentinela da Liberdade, produzida no lugar aonde esteve por quase todo o Primeiro Império, e também depois. A temática corrente era o inconformismo contra a desigualdade social, por isso não aceitava publicar anúncios com vendas de gente. Mesmo após a Independência do Brasil, esteve alerta, ainda que estivesse encarcerado. Os lusitanos queriam recolonizar o novo país. Os ingleses também rondavam. Outra acusação contra Cipriano Barata foi de tramar pela independência completa do Brasil. A sua pátria não deveria mais ser dependente de país estrangeiro.

O empresário iniciou a sua militância política no Partido Democrático em apoio a Revolução de 1930, para colocar na presidência Getúlio Vargas. E foi preso. Um ano após filia-se em outro partido, o mais antigo em atividade no Brasil. Como vice-presidente da Aliança Nacional Libertadora, agora em oposição ao Vargas, é preso novamente. Quando foi eleito parlamentar, seu partidão é colocado na ilegalidade, por três meses fica trancafiado. Quando ajudava a produzir a sua revista Brasiliense, que foi fechada com o golpe de Primeiro de Abril: prisão. Mas em 1970 foi acusado de estimular estudantes a luta armada em uma entrevista. O resultado foi quatro anos, seis meses, mais uma vez no cárcere. Esta foi a última detenção do historiador pioneiro em usar as novas idéias do materialismo histórico e dialético nos seus escritos e na sua militância. Não é de hoje a constatação geral da incapacidade dos estudantes em agirem politicamente, como hoje quando ocupam escolas em diversos estados do Brasil. Caio Prado Junior nos alertou, por sua vez, que o Brasil desde o início foi colonial e dependente.

Caio Prado Junior foi o Cipriano Barata da República Populista. Crítico de Getúlio Vargas, de Juscelino Kubitschek e João Goulart. Crítico de seu próprio partidão por apoiar JK e Jango, afinal ambos apenas aparentavam diminuir o descompasso entre as necessidades do país e as medidas efetivadas em seus respectivos governos. Se a verdade estivesse na aparência, bastaria descrever a forma, e a ciência não teria importância, não precisaria existir. E então, poder-se -ia sim afirmar que o livre mercado existiu antes do Estado. A solução, nesta visão do novo positivismo, para a nossa atual crise, seria tudo aquilo contra Cipriano Barata e Caio Prado Junior lutaram durante suas existências, o Estado continuar recompensando aqueles favorecidos pelas mais diversas circunstâncias.